As unidades da Fiocruz oferecem serviços variados de saúde, sempre articulados às atividades de ensino e pesquisa. Os critérios de atendimento variam de acordo com a especialidade e com o núcleo ao qual estão vinculados. Em geral, é necessário que os pacientes sejam encaminhados por outros serviços de saúde, referenciados ao Sistema Único de Saúde (SUS).
Exclusivo à comunidade do bairro de Manguinhos (RJ)
No Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria, o atendimento é prioritário para moradores do bairro de Manguinhos, onde se situa a sede da Fundação, no Rio de Janeiro, e funciona articulado ao Programa de Saúde da Família.
O antigo Instituto Fernandes Figueira (IFF/Fiocruz) - agora Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente - oferece serviços de saúde a pacientes referenciados por outras unidades ligadas ao SUS no Rio de Janeiro ou que possuam encaminhamento médico. Ele presta assistência à mulher com gravidez de risco fetal durante todo o ciclo da gestação. Após o nascimento, quem recebe acompanhamento é a criança, até atingir a adolescência, se necessário.
O Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente Fernandes Figueira oferece atendimento para o público infanto-juvenil em diversas especialidades e realiza, ainda, um importante trabalho em aleitamento materno.
O Centro de Estudos da Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana (Cesteh) atende trabalhadores encaminhados pelo SUS, em particular pelos Centros Estaduais e Regionais de Referência em Saúde do Trabalhador (Cerest), por sindicatos e organizações civis, pelo Ministério Público ou por outras instâncias judiciais. Seu atendimento, vinculado às pesquisas desenvolvidas pelo Centro, também abrange as demandas espontâneas dentro da área de saúde do trabalhador, bem como certos grupos populacionais especiais, expostos a problemas ambientais. O atendimento de primeira vez é realizado por uma equipe multiprofissional, de segunda a sexta-feira, das 8h às 16h.
A Fundação faz atendimento a animais domésticos de pequeno porte. O Instituto de Pesquisas Evandro Chagas (Ipec) é referência na orientação e no atendimento clínico e laboratorial (sorológico, parasitológico e histopatológico) nos casos de leishmaniose em animais. O instituto também oferece atendimento a casos de esporotricose. Neste campo, os estudos estão inseridos no Programa de Apoio à Pesquisa Estratégica em Saúde (Papes) da Fiocruz.