La Auditoría Interna (Audin) es responsable por la verificación de la gestión de la Fiocruz. El órgano tiene el objetivo de fiscalizar y comprobar la legalidad y la legitimidad de los actos de la Fundación y examinar sus resultados en relación a la economicidad, eficacia y eficiencia de la gestión presupuestaria, financiera, patrimonial, de personal y demás sistemas administrativos de operaciones. La Audin representa a la Fiocruz junto al Sistema de Control Interno del Poder Ejecutivo Federal y Tribunal de Cuentas de la Unión.
Con una actuación preventiva, el órgano busca evitar el cometimiento de fallos e impropiedades que puedan venir a comprometer la gestión de la institución. Sus trabajos incluyen el acompañamiento de la gestión de las políticas públicas y programas de gobierno a cargo de la Fundación y la realización de procesos de auditoría periódicos y extraordinarios.
Entre las funciones de la Auditoría Interna, está el acompañamiento de las metas del Plan Plurianual en el ámbito de la Fiocruz. El órgano también examina y emite parecer previo sobre la prestación de cuentas anual de la Fundación; realiza auditorias de conformidad y especiales por demanda externa y acompaña la implementación de las recomendaciones de los órganos de control y de la propia Auditoría junto a las Unidades de la Fiocruz.
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